（一）办公室。负责文电、会务、机要、档案、督查等机关日常运转工作，综合协调机关事务；牵头负责综合性重大问题调研、重要文稿起草、政务公开、保密、安全生产和信访维稳等工作；组织协调建议提案的办理工作；组织协调绩效考核工作。
（二）政工科。负责落实卫生健康人才发展政策；承担机关和所属单位的人事管理、工资福利、机构编制和队伍建设等工作；负责机关及所属单位各类人员因公出国（境）管理工作;组织指导全市卫生健康工作领域的对外交流与合作、援外工作。
（三）法规科（加挂体制改革科牌子）。督促卫生健康政策、法律法规的执行与落实，组织起草地方性法规草案；承担规范性文件的合法性审查工作；承担行政审批、行政复议和行政应诉等工作；承担深化医药卫生体制改革工作；研究提出全市深化医药卫生体制改革政策、措施的建议，督促落实市深化医药卫生体制改革领导小组会议议定事项；组织推进公立医院综合改革工作，组织协调基层医疗卫生机构综合改革。
（四）规划发展与信息化科。承担健康邵阳战略协调推进工作；组织拟订全市卫生健康事业中长期发展规划；拟订卫生健康基础设施建设规划和年度建设计划，承担市属卫生健康项目及其重点建设项目的管理；承担卫生健康服务体系及信息化建设工作，参与全市人口基础信息库建设；组织开展爱国卫生运动和卫生健康统计工作；组织实施农村改厕和病媒生物防治工作。
（五）财务科。承担全市卫生健康专项资金管理工作；承担机关和预算管理单位预决算、财务、资产管理和内部审计工作；执行药品和医疗器械采购相关规范，组织落实政府采购工作；承担大型医用装备的配置管理工作；协调有关部门对所属单位计划、财务、基建、国有资产等进行监督管理；提出医疗服务价格政策建议。
（六）疾病预防控制科。拟订全市重大疾病防治规划、免疫规划、严重危害人民健康的公共卫生问题的干预措施并组织实施；完善疾病预防控制体系，防止和控制疾病发生和疫情蔓延，及时报告、发布传染病疫情信息；承担市政府防治艾滋病工作委员会的日常工作。
（七）医政医管科。拟订医疗机构及医务人员、医疗技术应用、医疗质量和安全、医疗服务、采供血机构管理以及行风建设等行业管理政策规范、标准并监督实施；承担推进护理、康复事业发展工作；拟订公立医院运行监管、绩效评价和考核制度并监督实施；组织实施医务人员执业标准和服务规范，指导医院药事、临床实验室管理等工作，参与药品、医疗器械临床试验管理工作；执行医疗机构评审评价办法，组织指导医疗机构评审评价。
（八）中医药管理科。拟订全市中医药事业发展规划并组织实施；制定和执行中医医疗机构医疗服务、技术、医疗质量的政策、规范、标准；负责对中医和中西医结合的医疗、预防、保健、康复、护理及临床用药等监督和业务指导；负责中医药的传承、创新和中医药现代化；负责中医药科教、科技成果的推广应用以及中医药文化建设；管理中医医疗机构和中医医药人员，负责全市中医医疗机构重点和特色中医专科（病）项目管理；指导农村中医药工作。
（九）基层卫生健康科。拟订全市基层卫生健康政策、规划、标准和规范并组织实施；指导基层卫生健康服务体系建设和乡村医生的相关管理工作；指导农村和社区基本公共卫生工作，组织实施国家基本公共卫生服务项目。
（十）卫生应急办公室（加挂市突发公共卫生事件应急指挥中心牌子）。承担卫生应急和紧急医学救援工作，组织编制专项预案，承担预案演练的组织实施和指导监督工作；指导卫生应急体系和能力建设；及时报告、发布突发公共卫生事件应急处置信息。
（十一）科技宣传教育科。拟订全市卫生健康科技发展规划及相关政策并组织实施；承担实验室生物安全监督工作；组织开展住院医师、专科医师培训等毕业后医学教育和继续教育工作；负责全市卫生健康专业技术人员岗位培训工作；组织开展卫生健康宣传、健康教育、健康促进活动；承担卫生健康科学普及、新闻和信息发布；组织党委中心组学习，负责意识形态工作。
（十二）综合监督科。承担公共卫生、医疗卫生等监督工作，查处医疗服务市场违法行为；组织开展学校卫生、公共场所卫生、饮用水卫生、传染病防治监督检查；完善综合监督体系，指导规范执法行为；组织拟订食品安全地方标准，会同有关部门开展食品安全标准跟踪评价；组织开展食品安全风险监测和交流。
（十三）药物政策与基本药物制度科。贯彻执行国家药物政策、国家基本药物制度和省基本药物使用管理措施；开展药品使用监测、临床综合评价和短缺药品监测预警；监管全市国家基本药物的采购、配送、使用的政策措施的落实；提出药品价格政策和基本药物目录内药品生产鼓励扶持政策的建议。
（十四）老龄健康科。协调落实应对老龄化的政策措施；组织拟订医养结合的政策、标准和规范，建立和完善老年健康服务体系；承担市老龄工作委员会的具体工作。

（十五）妇幼健康科。拟订全市妇幼卫生健康规划、技术标准和规范并组织实施，推进妇幼健康服务体系建设；指导管理全市妇幼卫生、出生缺陷防治、婴幼儿早期发展、人类辅助生殖技术管理和生育技术服务工作；组织实施国家和省级妇幼健康服务项目。
（十六）职业健康科。负责实施职业卫生、放射卫生相关政策、标准；开展重点职业病监测、专项调查、职业健康风险评估和职业人群健康管理工作；协调开展职业病防治工作。
（十七）人口监测与家庭发展科。承担人口监测预警工作并提出人口与家庭发展相关政策建议，完善生育政策并组织实施；建立和完善计划生育特殊家庭扶助制度并组织实施。
（十八）保健科。负责市保健对象的医疗保健工作；负责重要来宾、重要会议与重大活动的医疗卫生保障工作；指导全市保健工作；承担市保健委员会的具体工作。
（十九）离退休人员管理服务科。负责机关离退休人员管理服务工作，指导所属单位离退休人员管理服务工作。